Fenerbahçe'de sistemli boks çalışmaları Tıbbiyeli Ali Sami Bey ve arkadaşlarının çabalarıyla başlamıştır. 1914 yılında Kuşdili'ndeki yeni kulüp binasına dönemin başkanı Sabri Toprak'ın bir ring kurdurmasıyla bu faaliyetler hızlanmıştır.
1919 yılında Türk ulusunun hürriyet mücadelesi ile birlikte, İstanbul’daki işgalci güçlerin ve azınlıkların sporcuları arasında düzenlenen boks müsabakalarını gören Türk gençleri işgale karşı öfkelerini ringlerde göstermeyi düşünmüşler ve boks sporuna yönelmişlerdir. İlk planlı boks çalışmalarına 1920 yılında Kadıköy-Kuşdili Salonu'nda yapılmaya başlanmış ve aynı yıl yine bu salonda büyük bir şampiyona düzenlenmiştir. Yabancı sporcuların da katıldıkları bu şampiyonada Fenerbahçe’den Ziya Boyer, daha sonra Fenerbahçe Spor Kulübü başkanlığı da yapan İsmet Uluğ ve Sait Mısırlı sıkletlerinde şampiyon olmuşlardır. 1920 yılından sonra Fenerbahçeli gençler, yabancılara karşı büyük başarılar elde ettiler. Yukarıdaki şampiyonlara ilaveten, Nuri, Sıtkı, Hikmet, Orhan, Sermet, Sabih, Remzi, Fevzi ve Raşit adlı Fenerbahçeli boksörler yabancılara ve azınlıkların boksörlerine karşı büyük başarılar elde ettiler ve gösterdikleri üstün başarılarından dolayı İstiklal Madalyası ile taltif edildiler. İlk Türk ajanlarından olan ve "İngiliz Kemal" olarak tanınan Ahmet Esat Tomruk da ringlerde yabancılara karşı nice zaferler kazanan ve hem bu performansıyla hem de ulusal mücadelede verdiği nice hizmetten dolayı Mustafa Kemal Atatürk'ün "Aferin Türk evladı" diyerek alnından öptüğü bir sarı-lacivertli boksördür. 1919 yılından itibaren, Beyoğlu'nda Skatling, Variété ve Tepebaşı Salonu ile Halep Çarşısı’ndaki Winter Palas’ta tertiplenen müsabakalara katılan Fenerbahçeli boksörlerin galibiyetleri işgalden dolayı sinmiş Türklerin yüreğine su serpmiştir. 1920 yılında ise maçlar izdihamdan dolayı stadlara alınmaya başlamıştır. 1920 Aralık ayında, stadlarda yapılan ilk şampiyonada Fenerbahçe'den 63 kiloda mücadele veren İsmet Uluğ, Beşiktaş Jimnastik Kulübü'nden 70 kilo gelen Suphi’yi yapılan büyük dövüşte beşinci raundda yenerek şampiyon olmuştur. İsmet Uluğ 1921 yılında Tepebaşı Tiyatrosu’nda Fenerbahçe Spor Bayramı’nda, yine Beşiktaşlı Hikmet’i birinci raundda nakavtla yenerek sarı-lacivertli formanın şampiyonluğunu sürdürmüştür. 9 Aralık 1923 akşamı Spring Salonu’nda, İstanbul horoz siklet şampiyonu Nuri’nin meşhur şampiyon Havrios’u beşinci raundda nakavt edişi muazzam bir coşkunluk yaratmıştır. İşte bu Nuri Türkiye'de kendisine rakip bulamadığından Avrupa ringlerine göç etmiş ve 1925 yılından itibaren Paris'in ringlerinde fırtına gibi esmeye başlamış ve Paris halkının sevgilisi olmuştur. Çok süratli ve dövüşken bir stile malik olduğu için kendisine "Dardanelles" (Çanakkale) lakabı takılmıştır. Türk boks tarihine ise adı "Çanakkale Fırtınası Nuri" olarak geçmiştir.
Boksta ilk resmi uluslararası temasımız ise 1928 Kasım'ında Moskova ve Bakü'de Rus ve Azerbaycan millî takımlarına karşı olmuştur. Beş kişilik millî takımımıza Sıtkı Piran ve Rıza Nemlioğlu'nu veren Fenerbahçe millî takıma en çok sporcu veren kulüp olmuştur. Daha sonra Türkiye'de boks faaliyetleri yavaşladığı gibi Fenerbahçe'de de bir durgunluk gözlenmiştir. Ekim 1947'de tüm sıkletlerde şampiyonluğa ulaşan Fenerbahçeli boksörlerin 7 Aralık 1947 gecesi üç bin seyirci önünde Yunan boksörlerle yaptıkları müsabakalar ise unutulmaz bir anı olmuştur. Bu özel karşılaşmada Fenerbahçe’den 66 kiloda Halil Çakmur, Bartalemos'a, 72 kiloda Cevdet Özdenek de Andriçinopulos'a sayı ile galip gelmişlerdir.
1955'te büyük Fenerbahçeliler Rüştü Dağlaroğlu ve Raif Dinçkök'ün çabalarıyla boks takımı yeniden kurulmuş ve takım Bülent Sümer'in antrenörlüğünde 1956 ve 1958'de İstanbul ikincisi, 1957'de ise İstanbul şampiyonu olmuştur. 1947'deki Ferdi İstanbul Şampiyonası'ndan sonra Fenerbahçe'ye ilk Kulüplerarası İstanbul şampiyonluğunu David Akyıldız, Şahin Muratoğlu ve Vedat Karakurum altın, Burhan Şenaksel, Muammer Sevinti, Yeter Sevimli, Yaşar Süslü, Cemal Toydemir ve Burhan Türer gümüş madalyaya ulaşarak ve 24 puan toplayarak kazandırmışlardır. 1959'da Beyrut'ta düzenlenen Akdeniz Oyunları'nda gümüş ve bronz madalyaları Fenerbahçe'nin Türkiye'ye kazandırdığı ilk resmi uluslararası madalyalar olmuştur. Bu başarıları 1961'de Bükreş'te düzenlenen Balkan Şampiyonası'nda gümüş, bronz madalyaları izlemiştir.
1962'de eski futbolcu ve boksör İsmet Uluğ'un başkan olmasıyla boks şubesi daha da hareketlenmiştir. 1962'deki İstanbul Şampiyonluğu'nu 1964, 1965, 1966, 1967, 1968, 1969, 1970 ve 1972'de şampiyonluklar ve Türkiye Şampiyonalarında 1966'da kazanılan ikincilik, 1968'de kazanılan üçüncülük takip etmiştir. O dönemde boks sporunda Ankara İstanbul'dan ileridedir. 1962'den 1968'e kadar Fenerbahçe takımının kaptanlığını yapan Cemal Kamacı aynı yıl profesyonelliğe geçmiş ve 1972 yılında Avrupa Şampiyonluğuna ulaşmıştır. Bu Türkiye'nin boks sporunda kazandığı ilk Avrupa şampiyonluğu olmuştur.Bu parlak günlerin ardından 1974'te kazandığı Batı Anadolu Kupası'ndan sonra Fenerbahçe basketbol, voleybol ve masatenisi gibi sporlarda da olduğu gibi müessese takımlarıyla mücadele etmekte zorlanmış ve 1985'e kadar şampiyon olamamıştır. Bu dönemde birçok kez "gençler" düzeyinde İstanbul Şampiyonu olan Fenerbahçe başarılı sporcularını o dönemin önder takımları Tekel ve Büyükdere Boronkay'a kaptırmıştır.
1980 yılında eski boksörlerden şube kaptanlığına, millî takımın çalıştırıcısı antrenörlüğe getirilmiş ve yıldız ile minik takımlar teşkil edilerek şube güçlendirilmiştir. İstanbul ve Türkiye şampiyonalarında toplam 47 madalya kazanılan 1984 yılından itibaren ise bu spor dalında Fenerbahçe'nin hegemonyası başlamıştır. 1985 yılında 13 yıl aradan sonra kazanılan İstanbul Şampiyonluğu, büyüklerde 4, gençlerde 4 ve yıldızlarda 1 birincilikle Türkiye rekoru kırarak kazanılan Türkiye Şampiyonluğu'nun yanı sıra, Balkan Şampiyonaları ve uluslararası turnuvalardaki altın madalyaları da Fenerbahçe'nin boks sporundaki güçlü konumunu gösterir. 1986'da Fenerbahçe ulusal şampiyonalarda 29 birincilik alarak rekor kırmış, ayrıca yurtdışına giden ilk Türk takımı ve İsviçre'nin Winterthur takımını 3-2 yenerek yurtdışında galip gelen ilk Türk takımı olmuştur.
Fenerbahçe'nin İstanbul ve Türkiye Şampiyonlukları 1990 yılı hariç kesintisiz 1995'e kadar sürmüştür. O yıl Boks Federasyonu bir süredir yapılmayan Türkiye Kulüplerarası Boks Şampiyonalarını canlandırmaya karar vermiştir. İlk yıl ikinci olan Fenerbahçe, 1998'e kadar 3 arka arkaya şampiyonluk kazanmış, 1999 yılında "Türkiye Şampiyonu" unvanıyla katıldığı "Avrupa Şampiyon Kulüpler Şampiyonası"nda Avrupa ikincisi olmuştur.
2000 yılında düzenlenen Yaz Olimpiyat Oyunları'na katılan boks millî takımının 7 sporcusunun 5'inin Fenerbahçeli olması ayrı bir gurur kaynağı olmuştur. Bu yıllarda güçlü altyapısından çıkardığı boksörlerin yanı sıra, Sovyetler Birliği'nin dağılmasından sonra kadrosuna kattığı Türk soylu sporcularla Türkiye'de şampiyonluklar kazanmakla kalmamış, Avrupa ve Dünya Şampiyonaları'nda da hiçbir kulübe nasip olmamış başarılara ulaşmıştır. soydaş sporcuların sporu bırakmalarıyla genç sporculara ağırlık veren Fenerbahçe 2004, 2005 ve 2007 yılında Türkiye şampiyonluklarını sürdürmüş,
2007 yılında Kulübün 100. yılında Büyükler, Kadınlar, Gençler, Yıldızlar ve Minikler kategorilerinde beş Türkiye takım şampiyonluğu kazandıran şube başarılı sporcular yetiştirmeye devam etmektedir. Fenerbahçe, 2008 ve 2009 yılında da hem bayanlarda ve hem erkeklerde takım şampiyonluğunu kazanmayı başarmıştır.
2004 yılında Atina yapılan olimpiyatlarda Atagün Yalçınkaya gümüş madalya almıştır.
2020 yılına kadar Erkek ve Kadınlar takım halinde Türkiye Şampiyonu olmuştur. 2020 yılında Başkanımız Sayın Ali Yıldırım Koç yönetiminde ulusal ve uluslararası başarıları devam ediyor. Boks Şube sorumlusu Selahattin Atasever tarafından yönetilmekte olup başarılar devam etmektedir.
Fenerbahçeli milli boksör Buse Naz Çakıroğlu, Tokyo'da düzenlenen olimpiyatlarda tarihi bir başarıya imza atmış ve 51 kiloda gümüş madalya kazanmıştır.
Kadın boksörlerimiz, ülkemizin ev sahipliğinde 2022 yılında ülkemizde düzenlenen Dünya Kadınlar Boks Şampiyonası’nda elde ettikleri başarılarla gözlerimizi doldurdular, göğsümüzü kabarttılar. Şampiyonada ülkemizi temsil eden 12 boksörden 8’ini oluşturan Fenerbahçeli sporcularımız adlarını dünya şampiyonluklarına yazdırdılar, turnuvada 4’ü altın, 1’i bronz madalya olmak üzere 5 madalya kazandılar.
48 kiloda Ayşe Çağırır,
50 kiloda Buse Naz Çakıroğlu,
54 kiloda Hatice Akbaş ve
+81 kiloda Şennur Demir ALTIN,
70 kiloda Sema Çalışkan BRONZ madalyanın sahibi oldular.